Действия разворачиваются в 2117 году, спустя около полугода после событий фильма «Психопаспорт. Фильм». Бюро Общественной Безопасности расследует странные события,

События происходят после инцидента, происшедшего в 2116 году на территории Ассоциации государств Юго-Восточной Азии, после которых Синъя Когами продолжает странствовать.

Прошёл год со дня разгрома «Чёрного восстания». Остатки «Ордена Чёрных рыцарей» скрываются от Империи, рассеявшись по стране, их лидер Зеро казнён Британией, а жители